Если обычные правила проверяют по параметрам и выполняют действия с новыми запросами, то Ручные правила применяются к старым запросам, которые уже есть в системе и срабатывают один раз по запуску вручную.
Пример: все письма с жалобами на ошибку вы помечаете тегом «сбой». Потом создаете ручное правило, чтобы в ответ на тикеты с этим тегом уходило сообщение о завершении сбоя.
Правило проверит все запросы в системе, найдет запросы с тегом "сбой" и отправит им сообщения.